Trong gần 40 năm xây dựng và trưởng thành, Trường Đại học Y Dược Hải Phòng đã nhận được nhiều phần thưởng cao quý của Nhà nước, Bộ, Thành phố, Trong đó có 3 Huân chương lao động (Huân chương lao động hạng nhất năm 2009, Huân chương lao động hạng Nhì năm 2004, Huân chương lao động hạng Ba năm 2000), Huân chương lao động hạng Ba cho các cá nhân (11 cá nhân) và tập thể (Bộ môn Nhi, Phòng Đào tạo Đại học, Bộ môn Nội),. Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ cho 14 cá nhân và 6 tập thể; Cờ thi đua xuất sắc của: Bộ Y tế, Công đoàn ngành Y tế, Bộ Công an, UBND Thành phố Hải Phòng; Bằng khen của Bộ Y tế: 37 Bằng khen cho tập thể, 85 Bằng khen cho cá nhân; Bằng Lao động sáng tạo của Tổng liên đoàn lao động Việt Nam cho 08 các nhân; Ngoài ra còn có nhiều Bằng khen của Công đoàn ngành Y tế Việt Nam, Bộ Công an, UBND Thành phố Hải Phòng, Liên đoàn lao động Việt Nam, Ủy ban Mặt trận tổ quốc Việt Nam Thành phố Hải Phòng; Nhiều Bằng khen của Trung ương Đoàn TNCS Hồ Chí Minh, Trung ương Hội Sinh viên Việt Nam, Bằng khen của Thành đoàn Hải Phòng và Hội Sinh viên thành phố Hải Phòng cho các tập thể và cá nhân đoàn viên, sinh viên nhà trường.